Instância máxima de governança da Anater, o Conselho de Administração é constituído por 11 membros, composto pelo Ministro de Estado do Desenvolvimento Agrário e Agricultura Familiar, que o preside, pelo Presidente da Anater, pelo Presidente da Embrapa e por um representante, titular e suplente, de cada um dos órgãos e das entidades públicas e privadas a seguir relacionados, para exercer mandato de dois anos, sem remuneração, permitida uma recondução por igual período. As competências do colegiado estão previstas no art. 9º do Estatuto da Anater disponível em https://www.anater.org/wp-content/uploads/2021/01/Estatuto-Anater.pdf.